Diversité microbienne dans les milieux karstiques

Research output: ThesisMaster's thesis

Standard

Diversité microbienne dans les milieux karstiques. / Gerin, Xavier; Van Houdt, Rob (Peer reviewer).

Liège, Belgium : ULg - Université de Liège, 2012. 70 p.

Research output: ThesisMaster's thesis

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Gerin, X & Van Houdt, R 2012, 'Diversité microbienne dans les milieux karstiques', ULG - Université de Liège, Liège, Belgium.

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Gerin, X., & Van Houdt, R. (2012). Diversité microbienne dans les milieux karstiques. Liège, Belgium: ULg - Université de Liège.

Vancouver

Gerin X, Van Houdt R. Diversité microbienne dans les milieux karstiques. Liège, Belgium: ULg - Université de Liège, 2012. 70 p.

Author

Gerin, Xavier ; Van Houdt, Rob. / Diversité microbienne dans les milieux karstiques. Liège, Belgium : ULg - Université de Liège, 2012. 70 p.

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title = "Diversit{\'e} microbienne dans les milieux karstiques",
abstract = "L’{\'e}tude de la diversit{\'e} et du r{\^o}le des micro-organismes dans les milieux karstiques est r{\'e}cente. Plusieurs scientifiques pensent qu’ils interviennent dans la dissolution des roches, m{\^e}me en grande profondeur. La biologie mol{\'e}culaire permet, depuis l’apparition de la PCR de d{\'e}tecter et d’identifier les micro-organismes sans passer par une {\'e}tape de culture. Avant de pouvoir amplifier l’ADN, il faut l’extraire. Pour cela, diff{\'e}rents protocoles d’extraction d’ADN g{\'e}nomique sont mis {\`a} notre disposition. Les objectifs de ce travail {\'e}taient de comparer deux m{\'e}thodes d’extraction de l’ADN g{\'e}nomique et d’{\'e}tudier la diversit{\'e} des micro-organismes dans les milieux karstiques. La diversit{\'e} des eubact{\'e}ries a {\'e}t{\'e} {\'e}tudi{\'e}e dans les {\'e}chantillons d’argile de la grotte de Fontaine de R{\^i}vire, de la calcar{\'e}nite et du lait de lune gr{\^a}ce {\`a} une m{\'e}thode d’amplification par PCR de l'ADNg extrait avec le kit MoBIO, suivie d’une DGGE. La DGGE a r{\'e}v{\'e}l{\'e} un pattern de bandes semblable entre les diff{\'e}rents {\'e}chantillons de lait de lune. Pour les {\'e}chantillons de calcar{\'e}nite, le pattern de bandes du gel DGGE montre des diff{\'e}rences entre les {\'e}chantillons. Le s{\'e}quen{\cc}age des {\'e}chantillons de Fontaine de Riv{\^i}re a montr{\'e} la pr{\'e}sence d’organismes affili{\'e}s {\`a} la division des Firmicutes et Acidobacteria ainsi qu’{\`a} la classe des Betaproteobacteria.",
keywords = "ADN, DGGE, Karst",
author = "Xavier Gerin and {Van Houdt}, Rob",
note = "Score = 2",
year = "2012",
month = "9",
day = "5",
language = "English",
publisher = "ULg - Universit{\'e} de Li{\`e}ge",
school = "ULG - Universit{\'e} de Li{\`e}ge",

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TY - THES

T1 - Diversité microbienne dans les milieux karstiques

AU - Gerin, Xavier

A2 - Van Houdt, Rob

N1 - Score = 2

PY - 2012/9/5

Y1 - 2012/9/5

N2 - L’étude de la diversité et du rôle des micro-organismes dans les milieux karstiques est récente. Plusieurs scientifiques pensent qu’ils interviennent dans la dissolution des roches, même en grande profondeur. La biologie moléculaire permet, depuis l’apparition de la PCR de détecter et d’identifier les micro-organismes sans passer par une étape de culture. Avant de pouvoir amplifier l’ADN, il faut l’extraire. Pour cela, différents protocoles d’extraction d’ADN génomique sont mis à notre disposition. Les objectifs de ce travail étaient de comparer deux méthodes d’extraction de l’ADN génomique et d’étudier la diversité des micro-organismes dans les milieux karstiques. La diversité des eubactéries a été étudiée dans les échantillons d’argile de la grotte de Fontaine de Rîvire, de la calcarénite et du lait de lune grâce à une méthode d’amplification par PCR de l'ADNg extrait avec le kit MoBIO, suivie d’une DGGE. La DGGE a révélé un pattern de bandes semblable entre les différents échantillons de lait de lune. Pour les échantillons de calcarénite, le pattern de bandes du gel DGGE montre des différences entre les échantillons. Le séquençage des échantillons de Fontaine de Rivîre a montré la présence d’organismes affiliés à la division des Firmicutes et Acidobacteria ainsi qu’à la classe des Betaproteobacteria.

AB - L’étude de la diversité et du rôle des micro-organismes dans les milieux karstiques est récente. Plusieurs scientifiques pensent qu’ils interviennent dans la dissolution des roches, même en grande profondeur. La biologie moléculaire permet, depuis l’apparition de la PCR de détecter et d’identifier les micro-organismes sans passer par une étape de culture. Avant de pouvoir amplifier l’ADN, il faut l’extraire. Pour cela, différents protocoles d’extraction d’ADN génomique sont mis à notre disposition. Les objectifs de ce travail étaient de comparer deux méthodes d’extraction de l’ADN génomique et d’étudier la diversité des micro-organismes dans les milieux karstiques. La diversité des eubactéries a été étudiée dans les échantillons d’argile de la grotte de Fontaine de Rîvire, de la calcarénite et du lait de lune grâce à une méthode d’amplification par PCR de l'ADNg extrait avec le kit MoBIO, suivie d’une DGGE. La DGGE a révélé un pattern de bandes semblable entre les différents échantillons de lait de lune. Pour les échantillons de calcarénite, le pattern de bandes du gel DGGE montre des différences entre les échantillons. Le séquençage des échantillons de Fontaine de Rivîre a montré la présence d’organismes affiliés à la division des Firmicutes et Acidobacteria ainsi qu’à la classe des Betaproteobacteria.

KW - ADN

KW - DGGE

KW - Karst

UR - http://ecm.sckcen.be/OTCS/llisapi.dll/open/ezp_124326

M3 - Master's thesis

PB - ULg - Université de Liège

CY - Liège, Belgium

ER -

ID: 233541